Kwestia obowiązku stosowania kas rejestrujących przez podatników zwolnionych podmiotowo od VAT od lat budziła wiele kontrowersji. Na ten temat wypowiedział się WSA w Bydgoszczy w prawomocnych wyrokach z dnia 15 marca 2011 r. (sygn. I SA/Bd 19/11 oraz I SA/Bd 6/11). Sąd niestety zajął niekorzystne stanowisko dla podatników.
Obecnie ze zwolnienia podmiotowego w VAT mogą skorzystać podatnicy, których obroty w roku podatkowym nie przekroczyły kwoty obrotu 150 tys. zł. Natomiast podatnicy dokonujący sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej oraz rolników ryczałtowych są obowiązani prowadzić ewidencję obrotu i kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących. Z powyższego obowiązku zwolnieni są natomiast podatnicy, których poziom sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej oraz rolników ryczałtowych w poprzednim roku nie przekroczył 40 tys. zł (co ważne, według planowanych zmian próg ten będzie obniżony do 20 tys. zł). W odniesieniu do podatników rozpoczynających działalność gospodarczą w trakcie roku próg ten wynosi 20 tys. zł.
Często zdarza się więc, że podatnicy którzy spełniają warunki do zwolnienia podmiotowego od VAT nie spełniają kryteriów uprawniających ich do zastosowania zwolnienia z obowiązku ewidencjonowania obrotu przy zastosowaniu kas rejestrujących. WSA w Bydgoszczy potwierdził, że tacy podatnicy mają bezwzględny obowiązek ewidencjonowania obrotu przy zastosowaniu kas.
Należy również zwrócić uwagę, że niezastosowanie się do obowiązku rejestrowania sprzedaży za pomocą kasy wiąże się z sankcjami podatkowymi, albo karno-skarbowymi. Jeżeli organy podatkowe uznają, że podatnik narusza ten obowiązek ustalają mu dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości odpowiadającej 30 % kwoty podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług (sankcja ta jednak nie powinna mieć zastosowania do podatników zwolnionych podmiotowo). Osoby fizyczne za ten czyn ponoszą natomiast odpowiedzialność za wykroczenie skarbowe albo za przestępstwo skarbowe.