Gmina wraz ze swoimi jednostkami organizacyjnymi jest jednym podatnikiem VAT – tak stwierdził Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w wyroku z dnia 29 września 2015 r. w sprawie tzw. jednego podatnika VAT (sygn. C-276/14).
Zgodnie z tym wyrokiem gminna jednostka organizacyjna, której działalność gospodarcza nie spełnia kryterium samodzielności w rozumieniu art. 9 ust. 1 dyrektywy 2006/112/WE, nie może być uznana za podatnika podatku od wartości dodanej odrębnie od gminy, w której skład jednostka ta wchodzi.
Oznacza to, że gminy będą mogły odzyskać zapłacony VAT od inwestycji generujących przychody za ostatnie lata, nawet, jeśli inwestycje te są wykorzystywane przez jednostki lub zakłady budżetowe. Ponadto będą mogły również w przyszłości rozliczać swoje podatki na takich samych zasadach, jak teraz robią to wielooddziałowe spółki. Dotyczyć to będzie zwłaszcza wszelkiego rodzaju inwestycji, gdzie gmina będzie mogła od razu odliczyć VAT z tego tytułu, co przy obecnym stanie prawnym było bardzo utrudnione
Wdrożenie zmian w gminach wynikających z wyroku TSUE będzie się wiązało z obowiązkiem wprowadzenia odpowiednich procedur wewnętrznych i podziału obowiązków w poszczególnych jednostkach. Zmiany w gminach, których wprowadzenie będzie konieczne po wyroku TSUE, dotyczą przede wszystkim nadzoru nad raportowaniem podatkowym tak, żeby odpowiednio zarządzić ryzykiem odpowiedzialności karnoskarbowej.